La majorité des wiki's sont constitués d'un ensemble de pages sans relations hiérarchiques entre elles.
PmWiki offre plus de possibilités en ce qui concerne l'organisation générale.
Il existe un niveau hiérarchique constitué par les groupes Wiki. Chaque groupe Wiki permet:
UnePage ou [[une page]]. Pour accéder aux pages en dehors du groupe, il faut déclarer le groupe d'appartenance comme ceci : TelGroupe.AutrePage ou TelGroupe/AutrePage (la deuxième syntaxe n'affiche pas le nom du groupe à l'écran).
A l'intérieur d'un groupe, il est possible de naviguer d'une page à l'autre à l'aide de cheminements de navigation appelés wiki trails. Ces cheminements sont possibles à l'aide d'une commande de type << page précédente | index pages | page suivante >>. Il peut y avoir plusieurs wiki trails par groupe et chaque cheminement doit avoir sa propre page d'index. Ceci permet de prévoir plusieurs ensembles de pages à l'intérieur d'un même groupe.
Bien qu'il ne soit pas possible dans la distribution de base de créer un second niveau hiérarchique, il existe une possibilité de nommer les pages d'une manière qui s'y apparente, ceci est décrit (en anglais) dans Cookbook:SubpageMarkup .
La possibilité d'avoir un système de sous-groupes a été, à plusieurs reprises, l'objet de discussions intenses sur la liste de diffusion. Un argumentaire détaillé motivant leur absence est donné (en anglais) sur PmWiki:HierarchicalGroups .
Une organisation non hiérarchique, permettant de lier les pages entre elles en définissant leur appartenance à une catégorie est proposée. Une page peut appartenir à plusieurs catégories. Chaque catégorie a un groupe qui lui est propre (mais les pages de cette catégorie peuvent être situées dans tous les groupes). Ceci est une fonctionnalité en développement, mais elle est d'ors et déjà utilisable en suivant les recommandations de la page catégories.
Vous pouvez trouver un exemple (non représentatif) d'architecture d'un wiki organisé avec un espace de nommage unique : Architecture du site CNCLoisirs?